在HACCP的運(yùn)用過程中，使用微生物標(biāo)準(zhǔn)，是進(jìn)行關(guān)鍵控制監(jiān)測(cè)最有效的方法。關(guān)鍵控制點(diǎn)監(jiān)測(cè)也可用物理、化學(xué)及感官評(píng)估等方法來完成。

1、危害分析
要從原料的生產(chǎn)、加工工藝步驟以及銷售和消費(fèi)的每個(gè)環(huán)節(jié)可能出現(xiàn)的多種危害（包括物理、化學(xué)及微生物的危害）進(jìn)行確定，并評(píng)價(jià)其相對(duì)的危害性，提出預(yù)防的措施。

2、關(guān)鍵控制點(diǎn)（CCPS）的確定
關(guān)鍵控制點(diǎn)是指那些若控制不力就會(huì)影響產(chǎn)品的質(zhì)量，從而危害消費(fèi)者身體健康的環(huán)節(jié)。一般說來，關(guān)鍵控制點(diǎn)要少于6個(gè)。一旦被確定為關(guān)鍵控制點(diǎn)則都要照例進(jìn)行監(jiān)測(cè)。所以說，關(guān)鍵控制點(diǎn)的選擇是HACCP系統(tǒng)的主要部分。

3、設(shè)定管制CCPS的標(biāo)準(zhǔn)
對(duì)已經(jīng)確定的每一個(gè)CCPS，都必須制訂出相應(yīng)的管制標(biāo)準(zhǔn)和適當(dāng)?shù)臋z測(cè)方法。經(jīng)常管制的標(biāo)準(zhǔn)包括：時(shí)間、溫度、水份活度（a.）、PH值、可滴定酸鹽的濃度、防腐劑含量、有機(jī)氯濃度等。

4、標(biāo)準(zhǔn)設(shè)定后，每一個(gè)CCPS都必須進(jìn)行例行監(jiān)測(cè)，以確保每一環(huán)節(jié)都維持在適當(dāng)?shù)墓苤茽顟B(tài)下。每次CCPS檢測(cè)的結(jié)果都要進(jìn)行認(rèn)真記錄、存檔，便于今后對(duì)可能出現(xiàn)的事故進(jìn)行分析鑒定。

5、CCPS修正計(jì)劃
當(dāng)發(fā)現(xiàn)某一個(gè)CCPS超出管制標(biāo)準(zhǔn)，應(yīng)有臨時(shí)性修正計(jì)劃，該計(jì)劃包括如何使CCPS回復(fù)到再管制狀態(tài)以及建議在CCPS超出管制標(biāo)準(zhǔn)期間所生產(chǎn)的產(chǎn)品如何處理。

6、HACCP系統(tǒng)有效性確認(rèn)
HACCP系統(tǒng)有效性確認(rèn)是通過對(duì)最終產(chǎn)品進(jìn)行微生物、物理、化學(xué)及感官檢測(cè)來完成的。特別是微生物檢測(cè)是最為有效的確認(rèn)指標(biāo)，但微生物檢測(cè)法通常不直接用來檢測(cè)CCPS。有效性確認(rèn)可以是廠家自查或請(qǐng)政府檢測(cè)機(jī)構(gòu)來完成。
作用： 運(yùn)用HACCP可以系統(tǒng)地對(duì)水產(chǎn)品生產(chǎn)、流通和消費(fèi)中的危害及風(fēng)險(xiǎn)進(jìn)行分析。在水產(chǎn)品的生產(chǎn)初期應(yīng)用HACCP，可以對(duì)一些特別的危害和控制措施進(jìn)行識(shí)別，當(dāng)產(chǎn)品的安全控制與生產(chǎn)加工過程溶為一體時(shí)，可以減少對(duì)最終產(chǎn)品的測(cè)試，資源得到有效利用。HACCP的原則應(yīng)該貫徹于魚從養(yǎng)殖場(chǎng)到餐桌的食品安全過程中，從而提高消費(fèi)者對(duì)養(yǎng)殖產(chǎn)品的信任度。
HACCP體系在水產(chǎn)品中的運(yùn)用已在國(guó)際上得到重視。歐盟和北美已強(qiáng)制實(shí)行HACCP。美國(guó)FDA（1994）證實(shí)，在美國(guó)的水產(chǎn)品加工方面，因?yàn)镠ACCP的運(yùn)用，已經(jīng)防止了大約20%～60%由水產(chǎn)品攜帶的各種疾病。一些國(guó)際組織提倡協(xié)調(diào)執(zhí)行HACCP。不采用或不執(zhí)行HACCP的國(guó)家最終將失去水產(chǎn)品的出口貿(mào)易，由此帶來的經(jīng)濟(jì)損失將是巨大的。